Trong thời gian qua, Viện Nuôi trồng Thủy sản đã và đang thực hiện nhiều dự án hợp tác quốc tế. Trong đó, các dự án nhận được tài trợ kinh phí từ đối tác đã đạt được những mục tiêu nhất định trong chiến lược xây dựng và phát triển của Khoa/Viện.
1. Dự án NUFU: Với dự án NUFU, khoa đã đào tạo được 2 lớp Cao học với tổng số 14 học viên. Các học viên chủ yếu là các cán bộ trẻ của Khoa Nuôi trồng Thủy sản, các Viện Nghiên Cứu NTTS I, Viện Nghiên Cứu NTTS II, Viện Nghiên Cứu NTTS III và một số cơ quan địa phương. Phase 2 của Dự án NUFU đang đào tạo 2 nghiên cứu sinh và thực hiện đề tài nghiên cứu hoàn thiện qui trình ương và nuôi thương phẩm cá Chẽm (Lates calcarifer). Đây là đề tài nghiên cứu mang tính chiến lược của khoa, nhằm đa dạng hoá các đối tượng nuôi biển. Đề tài đã đạt được những kết quả nhất định và được dư luận xã hội đánh giá cao.
2. Dự án AIT: Chương trình hợp tác giữa khoa NTTS với Học Viên Công Nghệ Châu Á (AIT). Với việc thực hiện dự án AIT, khoa đã có 2 cán bộ được cử đi học Cao học và đã tốt nghiệp tại học viện AIT. Ngoài ra, nhiều cán bộ của khoa được cử đị tập huấn ngắn hạn về sản xuất giống cá biển, quản lý vùng đới ven bờ cũng như học tập nâng cao trình độ tiếng Anh do AIT tổ chức.
3. Dự án nuôi cá lồng: Thông qua chương trình tài trợ của DFID (chính phủ Anh), khoa NTTS đã thực hiện nghiên cứu cải tiến quản lý các hệ thống nuôi lồng quy mô nhỏ vùng nhiệt đới châu Á. Mục tiêu của dự án là nhằm đưa ra các hướng dẫn cho việc quản lý cải tiến và làm cơ sở cho các nghiên cứu tiếp theo. Cũng thông qua dự án này, khoa đã xây dựng được dự án tiếp theo, đó là dự án CARD.
4. Dự án CARD: Việc thực hiện dự án CARD đã góp phần nâng cao năng lực của đội ngũ giảng viên trong khoa. Thông qua dự án, một cán bộ trẻ của khoa được hỗ trợ kinh phí làm nghiên cứu sinh, 3 cán bộ của khoa và Trung Tâm Công Nghệ Sinh Học và Môi Trường được đi tập huấn về phương pháp phân tích các chỉ tiêu về dinh dưỡng trong Nuôi trồng Thủy sản tại Austrailia. Trong năm 2005, cũng thông qua chương trình CARD, khoa đã được chính phủ Australia cấp kinh phí thực hiện dự án nuôi cá biển thâm canh trong ao đất bằng mương nổi.
5. Dự án VEEM: Đối với dự án VEEM, khoa đã thực hiện các nghiên cứu về quản lý môi trường các vúng NTTS. Ngoài ra, chương trình còn thực hiện các nội dung tập huấn và trao đổi cán bộ với Viện Nông nghiệp Phillipine.
6. Dự án Đại Học Polymounth: Mục đích chính của dự án Polymounth là chương trình trao đổi cán bộ và sinh viên giữa Đại Học Thủy Sản và Đại Học Polymounth. Thông qua dự án này, khoa đã tổ chức thành công các lớp tập huấn cho cán bộ trong khoa về các phương pháp phân tích dữ liệu trong các nghiên cứu NTTS do chuyên gia nước ngoài giảng dạy. trường Đai học Polymouth đã gửi sinh viên sang trường ta để tham quan và học tập về nuôi thủy sản vùng nhiệt đới do các cán bộ của khoa hướng dẫn. Ngoài ra, được sự hỗ trợ kinh phí từ dự án, khoa cũng đã cử 1 cán bộ thực tập sinh tại Anh Quốc.
7. Dự án SRV 2701: Được sự giúp đỡ từ Bộ Ngoại Giao Nauy, Trường Đại Học Nha Trang cũng như Khoa NTTS đã nhận được sự tài trợ kinh phí khá lớn thông qua dự án SRV 2701. Hợp phần 2 - Khoa Nuôi trồng Thủy sản đang thực hiện nhiều nội dung với mục tiêu tổng thể nâng cao năng lực đào tạo và nghiên cứu khoa NTTS. Để đạt được mục tiêu trên, khoa đang triển khai hàng loạt các hoạt động bao gồm: Hoàn thiện chương trình khung đào tạo cao học Nuôi trồng Thủy sản cho cả nước, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ (đã có 6 Cán bộ trong Khoa đi Thailand và Indonesia để tham dự các khoa tập huấn về Bệnh thủy sản và sản xuất giống cá Biển). Cũng từ nguồn kinh phí của dự án, năm 2003 khoa đã mở 2 lớp cao học NORAD NTTS cho đội ngũ cán bộ của khoa, Viện nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III, Viện Hải Dương Học. Hai đề tài nghiên cứu lớn thuộc dự án cũng đang được triển khai: Đề tài nghiên cứu dinh dưỡng của cá giò giai đoạn giống và bệnh trên các loài cá biển nuôi tại Khánh Hòa.
8. Dự án ACIAR: Được sự đồng ý của nhà trường, tháng 4 năm 2005 khoa đã bắt đầu triển khai thực hiện dự án ACIAR. Đây là dự án được tài trợ từ chính phủ Austrailia với sự tham gia của viện CSIRO, khoa NTTS, Viện Nghiên Cứu NTTS 3 và Viện Hải Dương Học Nha Trang. Nội dung chính của dự án là hợp tác nghiên cứu nuôi bền vững tôm Hùm gai tại các vùng biển nhiệt đới ở Việt Nam và Australia.
Thông qua hoạt động của các dự án, năng lực đào tạo và nghiên cứu của đội ngũ cán bộ giảng dạy của Viện Nuôi trồng Thủy sản được nâng lên. Trình độ ngoại ngữ của đội ngũ cán bộ giảng dạy cũng có tiến bộ rõ rệt. Cũng thông qua các chương trình hợp tác quốc tế, cơ sở vật chất và trang thiết bị phục vụ cho hoạt động đào tạo và nghiên cứu của khoa không ngừng được tăng cường, đáp ứng nhu cầu học tập và nghiên cứu khoa học của đội ngũ cán bộ và sinh viên trong Viện.
Ngoài bồi dưỡng đội ngũ và các chương trình nghiên cứu, việc thực hiện dự án do nước ngoài tài trợ còn là cơ hội để tăng cường trang thiết bị vật chất phục vụ cho công tác đào tạo và nghiên cứu của Viện. Số kinh phí mua sắm các trang thiết bị vật tư của các dự án đã thực hiện: AIT, NUFU và dự án CARD ước đạt khoảng 1,1 tỷ đồng. Kết quả thực hiện các dự án từ nguồn kinh phí tài trợ của nước ngoài tại Viện Nuôi trồng Thủy sản được phía đối tác đánh giá cao. Vì vậy, một số dự án sau khi kết thúc phase 1, đã được phía nước ngoài tiếp tục tài trợ kinh phí để thực hiện phase 2 như: Dự án NUFU, dự án VEEM và dự án CARD.